杨应龙被剿灭以后，如何处置播州这片土地，很让明政府费了一番思量。从地理位置上看，播州紧邻永乐年间(1403～1425年)新设置的贵州行省，应归贵州管辖。但贵州又是一片“瘠壤地”，无力承担诸多缔造、劳务费用；如果仍留归四川辖制，又未必有利于中央政府对这片地区的扼控。想来想去，还是决定将杨家的播州地一分为二、撤销他们的土司头衔，改设遵义、平越两军民府，遵义军民府继续由四川管，平越军民府划属贵州。
播州土司的被废除，终结了杨氏在这一地区长达700余年的统治，也宣告了黔北地区土流并治局面的结束。这种撤废土司，改由中央政府委任的流官进行统治的举措，历史上称之为改土归流。
明神宗并不是第一个在贵州推行改土归流的统治者，比他早将近200年的明成祖，才是最早取缔土司统治，设置流官政权的皇帝。永乐十一年(1413年)，明成祖将四大土司之一的思南、思州两土司裁废，杀掉了思州宣慰使田琛和思南宣慰使田宗鼎，在两宣慰司地设置八府四州，又以此为基础设置贵州承宣布政使司，使贵州这片长期分属四川、云南、湖广几省的地区，成为独立的省一级行政区。原先作为地方实际统治者的土司和土官被废掉了，由中央政府直接委派官吏的流官政权建立起来了，明成祖此举既是贵州改土归流的起点，也是贵州作为省一级行政区划历史的起点。
中国的土司制度不是从天上掉下来的，它是封建王朝为适应对西南民族地区管理的需要，创造出来的一种既符合中央政府的意图，又为民族地区实际统治者所能接受的行政体制。同样的道理，随着民族地区经济社会的发展和封建中央集权的加强，改土归流也成了势所必然的潮流，任何一种力量都无法阻止它的发生。
没有在民族地区生活过的人，或许对于什么是土，什么是流不怎么闹得明白。但有一点必须知道，那就是改土归流中的“土”和“流”指的都是封建时代的职官。那些世代相袭长期掌握着本地统治权的土著首领，朝廷既无力摆布他们，又不愿让他们成为对抗力量，往往授予一定的头衔或职位，这一类可以世袭的官员即史籍中所谓的“土官”。而直接由政府委任，随时可以调整、调动，晋升或免职的官吏，在官方文献中则称之为流官。
唐代在今贵州州县定点图
土官的存在远比土司制度为早。唐代推行羁縻州制时的那些羁縻州刺史、都督府的都督、羁縻州下属县的县令等，实际上都是土官。有唐一代，随着政府军事控制能力的强弱和民族地区经济社会情况的变化，羁縻州改成经制州，经制州降为羁縻州的事时有发生。换句话说，自从有了土、流两种官制，改土归流或改流为土的现象，就已经存在了。只不过史家们从来没有用“改土归流”这个词组来概括它，而那时的这种改变，也是可逆的。
“改土归流”这个专用词语最早见于何种文献，迄今没有看到有关的考证。从现有的一些资料看来，似乎起于清初。这之前的官吏奏疏或政府议复中，虽有撤废某某土司，改设某某县等语句，并无“改土归流”之说。康熙元年(1662年)云南总督赵廷臣的奏疏中，出现了“曹滴司改土为流，请令黎平府经历管理”的说法。康熙四十五年(1707年)兵部议复贵州巡抚陈诜的奏疏时，有了“前抚臣王燕参劾清平县凯里土司杨兴国贪婪各款，业经督臣贝和诺审明具题。兹土、苗人民俱愿改土归流，应如所请”的文字。以后的官方文书中，“改土归流”一语开始频繁出现。由此看来，改土归流成为封建王朝明确的政策思路，应该在这一段时期。
魏源《圣武记》中有一篇文章专记清代前期西南改土归流的事，题为“雍正西南夷改流记”。其中有“三番之乱，重陷土司兵为助。及叛藩勘定，余威震于殊俗。至雍正初，而有改土归流之议”一语。这是明清著作中，第一个将“改土归流”视为一种政策的私家论著。后世关于明清时期废除土司，改设流官问题的论著，沿用了这一提法，进而形成了学术上的一个研究专题。
土司制度既然是与流官制度并行的两套管理制度之一，对改土归流问题的研究，便有着不容忽视和低估的价值。
改土归流是一种顺乎历史潮流的举措，这是已为学术界认同的结论。在土司制度下，各地的土司和土目都是大大小小的封建领主，他们依靠世袭特权，成为土地无可争议的拥有者、于是“租佃土司田地民人，即为土司所有”，被迫接受各种超经济强制。土司的一切“食米、烟火、丧葬、娶嫁、夫马供之费，无不取之苗民”。甚至“土司一娶子妇，则土民三载不敢婚。土民有罪被杀。其亲属尚出垫刀钱数百金，终身无见天日之期”。
对封建中央政府而言，在各地政治局势还未稳定，国家军力尚不足以控制边疆地区时，可以借助土司的称臣内附保持一方安宁。一旦四围边陲稳定，中央集权加强以后，土司制度的存在，便成了执政者统一国家行政区划的障碍。
明清之际，土司制度的各种弊端显露无遗。职衔承袭时往往因“私相传接，支系不明，争夺由起，遂至酿成变乱”。加上土司上层手握重权，既无追赃抵命之忧，又无革职削地之罚，可以有恃无恐地为所欲为，发展到“云贵川广恒以土司为治乱”的程度。事情演变到这一步，从根本上铲除土司，将其辖地纳入直接统治，便成了封建王朝势在必行的选择。
从社会发展的角度来看，改土归流无疑是进步的。一位哲人曾经说过这样的话：“如果不能摆脱封建分散和诸侯割据混乱的状态，世界上任何一个国家都不能保持自己的独立和真正发展经济和文化。”改土归流结束了土司长期霸占一方，国家行政事权无法统一的问题。又通过剥夺土司的世袭统治权，敲响了民族地区农奴制的丧钟，为封建地主土地所有制创造了发展的空间。这对促进民族地区社会生产力的发展，加强地区之间的经济文化交流，都有着积极的作用。
魏源在《圣武记》中对清初首倡改土归流的鄂尔泰称赞有加，称：“鄂尔泰受世宗旷世之知，功在西南，至今百年享其利。”并用“一时之疮痍，百世之甜熙”来为清军以残酷的军事手段在黔东南地区疯狂焚掠，给当地少数民族群众带来极大痛苦的行径作护。这就与改土归流的实际情况有些不大相符了。
贵州的改土归流是一个比较长的历史过程。自从元朝推行土司制度以来，贵州是分封土司最多的地区，土司制度延续的时间长，改土归流启动得比其他省区早。如果把明成祖废思南、思州宣慰司，设贵州布政使司作为改土归流的起点，到清雍正年间鄂尔泰提议大规模剪除土司，改设流官为止，这场变革前后经历了300多年。
贵州几大土司的改土归流是在明代完成的。继1413年思州田氏被杀后，万历年间播州土司被明神宗革除。天启至崇祯间(1621～1638年)，贵州宣慰同知安邦彦与四川永宁宣抚使奢崇明联合反明，这场战争将水西、水东两大土司都卷了进去。战乱平息后，明廷以水东宋氏参与叛乱为由，撤废了宋氏的水东土司职，在原宋氏亲辖地十二马头置开州。水西安氏虽然得以保留下来，但失掉了水外六目之地，势力已经大不如前。
清雍正四年，云贵总督鄂尔泰提出全面改土归流建议，理由是“若不铲蔓塞源，纵兵刑财赋事事整饬，皆治标而非治本”。这一主张提出来时，群臣尽皆失色，唯独得到雍正帝的全力支持。按照鄂尔泰的建议，清政府通过军事手段，从雍正四年(1726年)开始，大规模裁革土司。对既无土司又无流官的黔东南地区，则以野蛮的武力征服方式，强行设置起清江(今剑河)、台拱(今台江)、丹江(今雷山)、八寨(今丹寨)、古州(今榕江)和都江(今三都)等六厅。
从思南、思州的被撤废到苗疆六厅的设置，改土归流大都是伴随着血与火进行的。研究者们所以评价它是一种进步的举措，是因为这场变革顺应了民族地区社会发展的趋势，有利于生产力的提高和经济的发展。但如果把改土归流的成果，全部归功于以明成祖、雍正帝为首的封建统治者，是不尽恰当的。
始创于元朝的土司制度，其所以能存在数百年，是因为它与西南民族地区的经济社会发展水平相适应。随着民族地区社会生产力的发展，封建地主经济逐渐取代了领主经济。到了明清之交，“主仆之分最严”的土司制度，已经成为广大劳动者改善自身地位的障碍。当劳役地租逐渐被实物地租取代，连一些土司也在出卖田土的时候，土司制度便失去了自身存在的社会基础，不能不走上瓦解的末路。《清实录》中就有不少“土、苗人民俱愿改土归流”的记载。
改土归流是一种历史的选择，但这场变革虽在总体上获得肯定，也未必是完全成功之举。事实上，一个统一的多民族国家的行政管理，是不可能完全按照一种模式来施行的。一概置民族地区的实际不顾，以为适用于中原和发达地区的管理办法，也同样能在民族地区生效，结果必然事与愿违。
明清之际的改土归流是一场不彻底的改革。急风暴雨式的改流过去以后，表面上大的土司是不复存在了，需要设置的府、州、县也按皇上的意志建了起来，但土司制度并没有被完全根除。其中的一个重要原因就在于，它脱离了民族地区的实际，强制性地将所有土司裁废代之以流官政权，而这根本就是一条行不通的路。这一点，就连首倡大规模改土归流的鄂尔泰本人后来都意识到了。《清会典·职官》中记载有鄂尔泰的这样一段话：“若不论有无过犯，一概勒令改流，无论不足以服人，兼恐无以善后。如果相安，在土无异于在流；如不相安，在流亦无异于在土。”
事实上，除了声名显赫的那些大土司外，在许多中小土司统治地区，急风暴雨式的改土归流之后，又不得不恢复土司的统治。四川清溪县大田土司改流后，马溶原管的各寨黑骨头、白骨头之间语言不通，不服从清溪管辖，尤其在马溶夫妇死后，地方更不安宁，清政府最终不得不在当地恢复土司治理，由其女神姐管理寨务。类似的事贵州更多，即以水西安氏为例，康熙五年(1665年)，将水西地改流，“以土司安坤故地比喇为平远府，大方为大定府，水西为黔西府；改比喇镇为平远镇”。但到康熙二十一年(1683年)又有“平越、黔西、威宁、大定四府原属苗蛮，与民不同，以土司专辖，方为至便”的谕旨。足见，即使是中央政府的最高决策者，在民族地区是否撤废土司的问题上，心中也未必完全有数。
另一个能证明改土归流不彻底的事实是，尽管改土归流的声势很大，云贵川地区的土司并没有完全被根除。据一些学者统计，在雍正、乾隆、嘉庆、道光几朝大量裁土司之后，贵州仍然有为数不少的土司保留了下来，仅长官司就有65个。
中国自从秦王朝开始就是一个统一的多民族国家，如何有效地治理好这样一个地域辽阔、族群众多、地区经济社会发展极不平衡的大国，的确不是一件易事。我们不能超越历史去苛求古人，让明清两代的当权者去制定种如同今天这样的科学管理制度，但也不宜对历史上那场以血和火为代价的改土归流，赋予过多的溢美之词。改土归流是顺应历史潮流的举措，它既是成功的，在某种意义上又有失败的一面，这是我们不能不看到的。
撰稿：范同寿
